牙科手机属于具有空腔的精密器械，内部配配合精密的复杂机械结构，并且装配了直径小于1mm的细长而难以探入的管路，一般清洗及有效灭菌困难。

牙科手机存在不耐高温和高压的部件，容易损坏。

牙科手机在工作中，需要不断的喷水冷却，在停机的过程中，机头内风轮的余转产生负压，产生回吸现象，使冷却水路发生污染。

牙科手机的操作经常引起口内出血，如果灭菌不彻底，传染性致病菌吸收有可能通过手机从一个患者传染给另一个患者。传染性疾病通常有比较长的潜伏期。

牙科手机价值较高，而如何对手机进行卫生处理，一直就是困扰国际口腔界和感染预防界的难题。